01.09.1999r. Szkoła Podstawowa w Łobudzicach na podstawie Uchwały nr VIII/74/99 Rady Miejskiej w Zelowie z dnia 22.04.1999r. przekształciła się w Zespół Szkół Ogólnokształcących, w skład którego weszły: Szkoła Podstawowa i Gimnazjum. Ów zespół funkcjonował 2 lata. 01.09.2001r. to początek samodzielnego istnienia gimnazjum.
W listopadzie 2001r. odbyła się uroczystość nadania imienia Janusza Kusocińskiego oraz wręczenia szkole sztandaru ufundowanego przez Radę Miejską w Zelowie. To był niezwykły dzień w życiu społeczności szkolnej i na długo pozostanie w naszej pamięci. W imieniu zaproszonych olimpijczyków głos zabrała Maria Kwaśniewska-Maleszewska, która znała osobiście patrona naszej szkoły. 10.10.2003r. Gimnazjum im. Janusza Kusocińskiego uzyskało tytuł "Szkoły z klasą". Z dniem 1 września 2009 r. dotychczasowa nazwa "Gimnazjum im. Janusza Kusocińskiego w Łobudzicach" nadana uchwałą XXXVII/372/2001 Rady Miejskiej w Zelowie z dnia 8 listopada 2001 roku zmienia się na nazwę: "Gimnazjum im. Janusza Kusocińskiego z oddziałami integracyjnymi w Łobudzicach".